中国科学院合肥物质科学研究院（Hefei Institute of Physical Science，Chinese Academy of Sciences）成立于2003年5月，可追溯至2001年11月由原中国科学院合肥分院及安徽光学精密机械研究所、等离子体物理研究所、固体物理研究所合并而成的中国科学院合肥研究院；2003年5月，正式批复合并为中国科学院合肥物质科学研究院；2004年4月，合肥智能机械研究所划归该研究院。

中国科学院合肥物质科学研究院的主要学科有等离子体物理与磁约束核聚变、强磁场科学与技术、材料物理与纳米技术、大气光学与遥感、环境光学与技术、仿生感知与智能系统、激光材料与技术、超导电工与节能应用、离子束生物工程、智能农业信息技术、太阳能材料与工程等。 

截至2014年底，该研究院占地面积2.65平方公里，建有10个直属研究所，1个国家工程中心，17个省部级重点实验室/工程中心；共有在职职工2408人，在学研究生1361人，在站博士后90余人。